Trường Mầm non Mạ Non được thành lập từ năm 1997. Thời điểm năm 1997 trường gồm 03 điểm lẻ đặt tại các ấp 1; 2 và ấp 5 xã Phú Xuân, huyện Nhà Bè. Mỗi điểm trường chỉ có từ 1-2 lớp với diện tích nhỏ hẹp, không có sân chơi, cơ sở vật chất và trang thiết bị còn thiếu thốn, điều kiện nuôi dạy trẻ còn khó khăn, chủ yếu trẻ học một buổi.
Đến năm 2011 nhà trường được chỉ đạo bàn giao các điểm lẻ và hiện tại trường chỉ còn 01 điểm chính.
Tháng 6 năm 2014, trường được đưa vào kế hoạch xây mới tại khu dân cư Cotec, ấp 1 đường Nguyễn Bình, xã Phú Xuân, huyện Nhà Bè theo Quyết định số 16-QĐ/UBND, ngày 25 tháng 6 năm 2014 của Ủy ban nhân dân huyện Nhà Bè. Và trường đã được đưa vào sử dụng từ tháng 12 năm 2016.
Năm 2023 trường đạt kiểm định chất lượng giáo dục Cấp độ 3 theo Quyết định số 1540-6/QĐ- SGDĐT ngày 01 tháng 6 năm 2023 và Chuẩn quốc gia Mức độ 2 theo Quyết định số 1543-5/QĐ-SGDĐT ngày 01 tháng 6 năm 2023.
Trường Mầm non Mạ Non được thành lập theo quyết định số 383/QĐ-UB.TC, ngày 20/9/2004 của Uỷ ban nhân dân huyện Nhà Bè về chuyển trường mẫu giáo Mạ Non B thành Trường Mầm non Mạ Non.
Trường Mầm non Mạ Non có hội đồng trường theo quyết định số 441/QĐ-UBND, ngày 06/3/2024 về kiện toàn hội đồng trường Trường Mầm non Mạ Non của Uỷ ban nhân dân huyện Nhà Bè.
Trường Mầm non Mạ Non có hiệu trưởng là bà Huỳnh Mộng Ngọc được bổ nhiệm lại theo quyết định số 226/QĐ-UBND, ngày 18/7/2024 của Uỷ ban nhân dân huyện Nhà Bè về việc bổ nhiệm lại chức vụ hiệu trưởng Trường Mầm non Mạ Non.
Phó hiệu trưởng là bà Nguyễn Thị Kim Oanh được bổ nhiệm lại theo quyết định số 1428/QĐ-UBND, ngày 10/10/2022 của Uỷ ban nhân dân huyện Nhà Bè về việc bổ nhiệm lại chức vụ phó hiệu trưởng Trường Mầm non Mạ Non.
Phó hiệu trưởng là bà Nguyễn Thị Thuý Hằng được bổ nhiệm theo quyết định số 06/QĐ-UBND, ngày 02/01/2020 của Uỷ ban nhân dân huyện Nhà Bè về việc bổ nhiệm chức vụ phó hiệu trưởng Trường Mầm non Mạ Non.